ประโยชน์ของกาแฟมีมากมายหลายอย่างด้วยกัน ทั้งช่วยผ่อนคลายความเครียด ช่วยบำบัดโรคบางชนิด นอกจากนี้กาแฟยังช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของตัวระงับความเจ็บปวด โดยเฉพาะปรโยชน์ของกาแฟในการรักษาไมเกรน และกาแฟยังสามารถกำจัดโรคหอบหืดในผู้ป่วยบางคนได้ด้วย
คุณประโยชน์บางอย่างของกาแฟอาจส่งผลต่อเพศใดเพศหนึ่งเท่านั้น ตัวอย่างเช่น กาแฟได้รับการพิสูจน์แล้วว่าช่วยลดการฆ่าตัวตายในผู้หญิง และกาแฟยังช่วยป้องกันนิ่วและโรคถุงน้ำดีในผู้ชาย นอกจากนี้กาแฟยังช่วยลดโอกาสเกิดโรคเบาหวานในทั้งสองเพศ และลดเพียงประมาณ 30% ในผู้หญิง แต่ลดมากกว่า 50% ในผู้ชาย กาแฟยังช่วยลดความเสี่ยงของโรคตับแข็ง และกาแฟยังป้องกันมะเร็งในปลายลำไส้ใหญ่และกะเพาะปัสสาวะ กาแฟสามารถลดความเสี่ยงในการเกิดมะเร็งในเซลล์ตับ ซึ่งเป็นประเภทหนึ่งของมะเร็งตับ (Inoue,2005) และสุดท้ายกาแฟช่วยลดโอกาสเกิดโรคหัวใจ ถึงแม้จะยังไม่เป็นที่แน่ชัดว่า เป็นเพราะมันกำจัดไขมันในเส้นเลือด หรือเพราะว่ามันมีผลกระตุ้นกันแน่ และยังมีข้อดีอื่นๆของกาแฟที่เป็นเหตุผลให้คนส่วนใหญ่นิยมดื่มกาแฟ เช่น กาแฟช่วยเพิ่มความจำระยะสั้น (Short term recall) และกาแฟยังช่วยเพิ่มไอคิวนอกจากนี้กาแฟยังช่วยเปลี่ยนระบบเมตบอลิซึมให้มีสัดส่วนของลิพิดต่อคาร์โบไฮเดรตที่ถูกเผาผลาญสูงขึ้น ซึ่งช่วยลดอาการล้ากล้ามเนื้อของนักกีฬา คุณประโยชน์เหล่านี้บางอย่างจะได้ผลเมื่อดื่มกาแฟเพียงประมาณ 4 ถ้วยต่อวัน (24 ออนซ์) แต่บางอย่างก็ต้องดื่มถึง 6 ถ้วยหรือมากกว่านั้น (32 ออนซ์หรือมากกว่า)กาแฟนอกจากจะให้ประโยชน์ในด้านต่างๆแล้ว แต่ก็ให้โทษกับผู้ที่มีโรคประจำตัวบางชนิด ซึ่งอาจต้องงดการดื่มกาแฟหรือดื่มให้น้อยลง
คุณประโยชน์บางอย่างของกาแฟอาจส่งผลต่อเพศใดเพศหนึ่งเท่านั้น ตัวอย่างเช่น กาแฟได้รับการพิสูจน์แล้วว่าช่วยลดการฆ่าตัวตายในผู้หญิง และกาแฟยังช่วยป้องกันนิ่วและโรคถุงน้ำดีในผู้ชาย นอกจากนี้กาแฟยังช่วยลดโอกาสเกิดโรคเบาหวานในทั้งสองเพศ และลดเพียงประมาณ 30% ในผู้หญิง แต่ลดมากกว่า 50% ในผู้ชาย กาแฟยังช่วยลดความเสี่ยงของโรคตับแข็ง และกาแฟยังป้องกันมะเร็งในปลายลำไส้ใหญ่และกะเพาะปัสสาวะ กาแฟสามารถลดความเสี่ยงในการเกิดมะเร็งในเซลล์ตับ ซึ่งเป็นประเภทหนึ่งของมะเร็งตับ (Inoue,2005) และสุดท้ายกาแฟช่วยลดโอกาสเกิดโรคหัวใจ ถึงแม้จะยังไม่เป็นที่แน่ชัดว่า เป็นเพราะมันกำจัดไขมันในเส้นเลือด หรือเพราะว่ามันมีผลกระตุ้นกันแน่ และยังมีข้อดีอื่นๆของกาแฟที่เป็นเหตุผลให้คนส่วนใหญ่นิยมดื่มกาแฟ เช่น กาแฟช่วยเพิ่มความจำระยะสั้น (Short term recall) และกาแฟยังช่วยเพิ่มไอคิวนอกจากนี้กาแฟยังช่วยเปลี่ยนระบบเมตบอลิซึมให้มีสัดส่วนของลิพิดต่อคาร์โบไฮเดรตที่ถูกเผาผลาญสูงขึ้น ซึ่งช่วยลดอาการล้ากล้ามเนื้อของนักกีฬา